Карлу XII доводилось починати щось рішуче, і він зважився знову всією силою штурмувати Полтаву. Тільки доля давно відсахнулася од шведського короля — оглядаючи 17 червня табір царського війська, він був тяжко поранений у ногу. Перетерплюючи муку, король 21 червня, лежачи на ношах, все-таки розпочав штурм Полтави. Запорожці у тому штурмі вели перед і дуже багато стеряли товариства по полтавських окопах та стінах. Бій тягся два дні і все-таки шведи не мали сили вдертись у місто, а тим часом царське військо почало оточувати і Полтаву, і шведів. Червня 27 сталася рішуча баталія, що прозвана Полтавською, і у тій битві російське військо задавило шведів своєю кількістю.

Народна українська пісня так згадує про цю подію:

Хвалилися запорожці Полтави дістати.
Ще Полтави не дістали, а вже швед іздався:
На бідную головоньку кошовий зостався.
Ой умерла кошового старенькая мати,
Ой нікому кошовому порадоньки дати.

Розбиті шведські полки мусили одступати од Дніпра, щоб зрятуватись у турецьких землях, і Карл вирядив Гордієнка з запорожцями вперед, щоб упорядкувати перевіз у Переволочиній. Гордієнко хутко пішов понад Ворсклою і ранком 29 червня вже був у Переволочині, та тільки не знайшов там ніяких засобів для перевозу — всі байдаки й човни, котрі Яковлєв не побрав з собою, він попалив, так що запорожці по околицях ледве знайшли декілька дубів.

Першим після запорожців прибув до Дніпра Мазепа, і над вечір 29 червня запорожці вже перевезли його, Орлика та іншу старшину, що лишилася біля Мазепи, на правий берег. Король Карл не міг поспіти за Мазепою, тяжка рана завдавала йому під час подорожі великої муки і примушувала везти його обережно, а між тим російське військо хутко настигало шведів. Становище короля було дуже скрутне і коли б Гордієнко не наготовив для нього заздалегідь двох дубів, то він дістався б царю Петру у бранці. Та тільки Гордієнко вже держав задля нього на поготові два спаровані докупи байдаки і, як тільки уночі короля привезли, він вкотив його карету на ті байдаки і перехопив короля на правий берег Дніпра.

За день 29 червня шведського війська та мазепиних козаків перевезлося за Дніпро дуже небагато, через брак човнів. Далеко з більшим поспіхом перевозилися через велику річку запорожці. Передбачаючи собі од побідників мордування та смерть, запорожці перепливали Дніпро разом з кіньми, держучись за їхню гриву, піші ж кидались у воду, захопивши до рук дошки з возів, ярма, колеса або в’язки очерету і, держачись за ті речі, перепливали річку самоплавом. Через це, коли ранком 30 червня до Дніпра наспіло російське військо, на лівому березі лишилося ще 16.000 шведів, тисяч зо три українських козаків та повстанців і тільки 220 запорожців.

Стерявши мужність і розгубивши, мабуть, під час втечі гармати й обоз, шведський генерал не наваживсь вступити в битву і запитав привідця російського війська Меншикова, на яких умовах шведи можуть здатись. Той одповів, — що вони мають видати зброю і тоді їм всім буде забезпечене життя, за винятком запорожців та інших підданців царя — зрадників. Шведи скорились своїй долі, запорожці ж, знаючи, які нечувані муки чекали їх у руках побідників, кинулися з берега Дніпра і здебільшого загинули у хвилях рідної річки. Найтяжча доля судилася козакам гетьманським та повстанцям: їх півроку мордували по в’язницях, катували на шибеницях, колесували, четвертували, а деяку частину заслали у Сибір на каторгу.

За Дніпром Гордієнкові й запорожцям був вільний шлях на Запорожжя, де було чимало захисних місць для того, щоб стати новим кошем, а проте він не хотів покинути шведського короля й Мазепу, котрі без запорожців, у степах неодмінно загинули б. Він повів їх понад річкою Омельником, а далі порадив іти через верхів’я Інгульця та понад Інгулом на південь.

Ранком 6 липня Гордієнко вивів усіх мандрівників до Бугу і біля берега тієї річки всі отаборились на 25 верст нижче устя річки Інгул. Треба було перевозитись на правий бік Бугу, що був тут у дві версти завширшки, а ніяких засобів до перевозу не було. Довелося послати до Очаківського паші просити суден для перевозу і прогаяти через те декілька днів. Нарешті шведи за великі гроші добули турецький корабель і перевезлись на турецький бік, а за шведами почали перевозитись і запорожці; але ледве вспіла перевезтись половина їх, як до Бугу почав наближатись Волконський з російськими драгунами. Тоді ті запорожці, що не вспіли перевезтись за Гордієнком, повернули коней по Бугу і подались у добре їм відомі байраки Дикого Поля; заплутавши ж у степу драгунів, повернули на устя Дніпра і приєднались до того товариства, котре з кошовим отаманом Петром Сорочинським вже скупчилося на устях річки Кам’янки.

Прибувши в Очаків, король Карл, не маючи з чого годувати запорожців, дозволив їм іти, куди самі знають, і більшість їх теж подалася степами на Запорожжя, Гордієнко ж з кількома сотнями товариства все-таки лишився біля короля і перейшов з ним та з Мазепою у Бендери, де Мазепа, пригнічений тяжкими подіями і чутками, що цар Петро дає туркам 300.000 талярів, аби йому видали гетьмана, 22 серпня року 1709 помер.