На Січі про приеднання гетьмана до шведів довідались теж нескоро. Тільки у середині листопада кошовиії Гордієнко майже одночасно дістав два листи: першого од Мазепи з повідомленням, що, рятуючи рідний край од московської неволі, він поєднався з шведським королем Карлом XII, і другий од царя Петра з повідомленням про зраду Мазепи і з порадою лишитись вірним царю. Слідом за тими листами на Січ прибули царські посланці Кисленський та Теплицький. Вони привезли Гордієнкові нового листа, у котрому цар, повідомляючи Військо Запорозьке про обрання Скоропадського гетьманом замість Мазепи, умовляв запорожців бути слухняними новому гетьманові.

Разом з останнім листом на Січ були привезені коштовні од царя подарунки: кошовому 500 червінців, старшині 2.000 червінців і на козаків 12.000 червінців. Гордієнко подарунки прийняв, у відповідь же на царську грамоту написав за згодою ради довгого листа, у котрому повставав вже не тільки за права Війська Запорозького, але й за права всієї України. Лист був повний докорів за порушення московськими царями автономії Українн, забезпеченої Переяслівською умовою з Богданом Хмельницьким під той час, коли Україна, визволившись з-під польської кормиги без помочі московської держави, прилучилась до неї своєю волею. Наприкінці листа Гордієнко вимагав од царя: 1) щоб на Україні було знищено все російське й українське панство, козацтву ж та людові посполитому щоб була повернена повна воля й давні права, які вони мали під час Переяслівської умови; 2) щоб всі московські городки по Самару та у Кам’яному Затоні були негайно розкопані й знищені.

Таким чином і в даному разі Гордієнко не таївся зі своїми бажаннями й вимогами, як Мазепа, а писав одверто, не вважаючи на те, що знав палку й сувору вдачу царя Петра і силу його війська.

Не діставши на свого листа одповіді, Гордієнко зрозумів, що нема чого сподіватись йому царської ласки та згоди на його вимоги і після того, як 1 січня року 1709 був у шостий раз обраний кошовим отаманом, вирядив два виділи Запорозького Війська, кількістю на 6.000 душ у Старий та Новий Кодаки, маючи метою, щоб не дати російському війську захопити ті кріпості і тим перетяти запорожцям шляхи на Україну і до шведського війська.

Довідавшись про настрій Гордієнка, російський уряд почав чинити всякі заходи до того, щоб скинути ного з кошевства, а у військо вкинути замішання. I справді, після виходу з Січі більшості війська останні запорожці почали хвилюватись. Всім уже було видно, що справа йде до одвертої війни з Московською державою і це страхало поміркованих козаків, а найбільше тих, що мали якусь маєтність на Запорожжі або на Україні. На радах, що одбувались у Січі з приводу війни, Гордієнко, чуючи нарікання поміркованих, не один раз і булаву складав, та запорозька молодь і голота всякий раз примушувала його знову приймати уряд кошового, московських же прихильників розганяла і навіть била.

Побачивши, що Гордієнка скинути з уряду нелегко, Меншиков, щоб перетяти йому шлях на Україну, опанував з російським військом Омельники, Кременчук, Потоки, Монжалієвку та декотрі містечка по Орелі. Тільки й це не помогло: не діставши од царя ніякої навіть обіцянки про задоволення запорозьких вимог, Гордієнко вже рішив приєднатись до шведського короля і зробити останню спробу зброєю повернути Україну до вільного й незалежного життя. З тією метою 1 березня Гордієнко, лишивши Січ на наказного отамана Михайла Симонченка, рушив з тисячею запорожців з Січі на Кодаки і, прилучивши до себе виділи війська, вислані у Кодаки раніше, пішов на Переволочину. Там відбулася велика рада, у котрій брала участй також і запорозька переволочанська залога з полковником Нестулієм, і на тій раді всі запорозькі козаки ухвалили приєднатись до Мазепи й шведів.

У середині березня Гордіенко рушив з запорожцями на Царичанку, а проти нього туди ж з 3.000 російських драгунів вийшов бригадир Кемпель. Запорожці рішуче атакували драгунів і більше сотні з них порубали та стільки ж захопили у бранці, останніх же розігнали.

Після того Гордієнко погромив російське військо під Келебердою і почав добувати городи по Орелі й по Ворсклі. Український простий люд ще добре пам’ятав славу своїх заступників і оборонців його волі запорожців і почав озброюватись та прилучатись до запорожців, так що під рукою Гордієнка скоро згуртувалось біля 15.000 душ. Проте з повстанців запорожцям було користі дуже мало, бо проти гармат, рушниць та штиків російського війська вони мали тільки коси та вила. Відчинивши тими боями собі шляхи на Україну, Гордієнко пішов з військом у Диканьку, де перебував Мазепа. Бажаючи щастя Україні, запорозький кошовий отаман рішив забути свою зневагу до гетьмана, поєднатись з ним і навіть признати старшинування Мазепи, як гетьмана. Уступивши після урочистої зустрічі з боку Мазепиної старшини у хату, де жив Мазепа, і, заставши його біля столу, на котрому лежали військові клейноди, Гордієнко вклонився йому, поцілував на ознаку пошани гетьманський бунчук і у присутності запорозької й української старшини сказав Мазепі: "Військо Запорозьке і я дякуємо вам за те, що як гетьман України ви взяли до серця те становище, до котрого дійшла наша батьківщина, і почали визволяти її од московської влади. Ми певні, що саме з цією метою, а не з якоїсь персональної користі, ви попросили протекції шведського короля і тільки через те ми й зважились допомагати вам щиро, незважаючи на небезпеку нашого життя, і коритись вашій волі, так що ви волите наказувати нам, щоб досягти бажаної мети".Одповідаючи кошовому, Мазепа дякував Запорозькому Війську за довір’я і запевняв, що; покладаючись на шведського короля, він не мав на меті своєї користі, а вчинив так, не маючи вже сили терпіти неправдиві утиски на неньку Україну[9].