Після Переволочини московське військо легко побрало обидва Кодаки, бо по них було лише по кілька десятків запорожців, і посунуло Дніпром та східним його берегом далі до Кам’яного Затону. Прилучивши там до себе московську залогу з великими гарматами, Яковлєв 9 травня підступив до Січі, а 10-го почав уже громити її з гармат.

Кошового отамана Сорочинського під той час у Січі не було — їздив у Крим просити ханської помочі, влада ж була у руках наказного кошового Якима Богуша. Всіх запорожців у Січі було не більше як 1.000 душ та й з тих більшість складали старі та покалічені діди; молодь вся була з Гордієнком у Гетьманщині, решта ж товариства, як звичайно, була по лугах та лиманах. Проте, незважаючи на обмаль товариства, Яким Богуш зумів вдмухнути в душі запорожців рішучість вмерти ліпше на окопах неньки Січі у нерівній боротьбі, аніж, зрятувавшись у плавнях Базавлуку, що зовсім легко було зробити, затоптати свою лицарську славу у болото і віддати Січ москалеві, як казали запорожці, "за спасибі".

Два дні громив Яковлєв Січ гарматними кулями та каленими бомбами, поки січові курені зайнялися й почали один по одному горіти. Запорожці намагалися гасити полум’я та Яковлєв перешкоджав їм те робити, б’ючи на них з гармат.

За два дні Богуш упевнивсь, що оборонити Січ з такою малою силою товариства, як у нього, неможливо, бо окопи й розкати Січі були довгі, і на третю ніч, покинувши Чортомлицьку Січ, перевізся з запорожцями на острів Старе Городище, де ще збереглися руїни Старої Січі часів Степана Баторія та часів приїзду на Запорожжя Еріха Лясоти, посланця німецького цесаря. Туди ж за ніч Богуш перевіз декілька гармат, поновив окопи і розпочав нове змагання. Тепер Яковлєву доводилось атакувати запорожців човнами, але коли москалі почали підпливати човнами, то запорожці влучно били їх з рушниць та гармат і, розбиваючи човни, кілька раз вкривали річку Скарбну головами потопаючих ворогів. Мая 14 був найдужчий штурм і хоч запорожці дуже потерпіли од гарматної пальби з берега, а проте відгромили військо Яковлєва і вбили при тому одного полковника, декілька офіцерів і більше трьох сотень москалів. Яковлєв почав уже вагатись, чи не покинути йому штурми, аж тут на поміч йому наспів з Чигирина полковник Галаган з двома охочекомонними полками. З такою великою силою, яка склалася після того у Яковлєва (біля 12.000 війська) йому вже нетрудно було добути запорожців і, зігнавши з усіх околиць якнайбільше човнів, він вдерся-таки на Городище і почав штурмувати стародавні окопи. Запорожці, одбиваючись шаблями, один по одному гинули на московських штиках, а все-таки не хотіли скоритись.Та чого не змогла зробити сила, те зробила зрада. Серед кривавого бою на окопи вискочив Галаган і почав присягатись, що він заступиться за своїх давніх товаришів і врятує їм життя, аби тільки вони видали зброю. "Ось вам хрест, товариші, — гукав він, — що ні у кого й волос не впаде з голови!" Ці слова засмутили запорожців і, побачивши, що їх лишилось лише невелика купка і що змагання безнадійне, вони почали складати зброю. Та не вспіли вони того зробити, як сам Галаган і натовпи москалів почали їх колоти. У розпачі кілька десятків запорожців вкинулись у річку Скарбну і, перепливши її, зрятувались у плавні, ті ж, що не могли того зробити, здебільшого поранені, кількістю 278 душ, були захоплені у бранці.

Після бою на одному з окопів знайшли тяжко пораненого Богуша, котрий скоро помер; останнім же бранцям, розлютовані упертим змаганням, начальники російського війська завдали таких тяжких мук, яких не вміли вигадувати навіть татари і, замордувавши людей на смерть, ще вішали мертвих на шибеницях, прироблених до тороків (невеликих плотів) і пускали Дніпром униз, щоб і ті запорожці, що рибачили нижче Січі, знали, яка кара їх всіх чекає.

Більшість січових будинків погоріла ще під час атакування Січі, останні ж Яковлєв попалив уже після, не пошкодувавши навіть церкви Св. Покрови, з котрої з його наказу було винесено тільки іконостас. Лютування побідників не вгамувалось навіть на тому, і вони ще порозкопували на січовому кладовищі домовини, а найперше розрили могилу славного кошового отамана Івана Сірка, кістки ж його розкидали по степу[12].

Діставши звістку про зруйнування Січі, цар Петро дуже радів і подарував Гнату Галагану "за вірну службу" село Боровицю, про запорожців же видав по всій Україні наказ, щоб їх де б хто не запопав, катували б на смерть.

Гордієнка, як і всіх запорожців, що були при ньому, звістка про зруйнування Січі вразила дуже тяжко, а проте ніякого такого заколоту у війську Гордієнка не сталось, і воно лишилось прихильним до свого отамана. Можливо, що Гордієнко у той час добре вже, як і Галаган, розумів, що справа Мазепи та короля Карла безнадійна, бо шведське військо з кожним днем тануло, російське ж все зростало, проте йому і на думку не спадало, щоб зрадою рідному краєві купити собі життя й спокій. Гордієнко передбачав і можливість нападу російського війська на Січ, і ще у березні радив королю Карлу добути Полтаву, що заступала шляхи на Запорожжя. Король було й згодився на те і 4 квітня разом з Гордієнком та запорожцями штурмував Полтаву, та тільки той штурм був невдалий і облога Полтави затяглася аж на три місяці, а тим часом до Полтави наближався сам цар Петро I з великим військом.