Перший підняв голос проти гетьмана його давний приятель архиерей Методий з київським духовенством. Методий 22-го лютого, 1666. року, з печерським архимандритом, з ігуменами манастирів прийшов до московського воєводи Петра Шереметєва, що тодї сидїв в Київі і просив, щоб він дозволив подати до царя просьбу, щоб цар не однимав од духовенства давних прав та вольностей. Методий говорив, що київське духовенство просило Бруховецького дозволити вибрати митрополїта в Київі по старому звичаю, вольними голосами од духовенства, городян і козаків, а гетьман одписав, що в Київ цар пришле митрополїта з Москви. Методий говорив горяче, розпалив ся, а далї сказав: Як тільки цар не дозволить нам вибрати митрополїта вольними голосами з українських архиєреїв та пришле з Москви готового, то ми запремо ся в манастирях і хиба нас виволочуть звідтіль за шию та за ноги, тодї тільки буде в Київі московський митрополїт. От в Смоленському наставили з Москви архиєрея Филарета, а він уже пооднимав вольности од духовеньства і зве Смольнян неправославними, иновірцями«. Шереметев заспокоїв духовенство, але воно вже стало проти гетьмана за те, що він, на свою користь, поступив ся цареві правами духовеньства. І справді Бруховецький почав однимати од манастирів маєтности й землї. В мартї київське духовенство послало в Москву ігумена Мелетия Дзіка просити в царя дозволу, вибрати собі митрополїта вольними голосами. Цар сказав, що він послав лист в Цареград, спитати про се дїло патриярха. Раз на обідї в Лаврі Методий і всї духовні, при московському бояринові прямо сказали, що вони не приймуть митрополїта з Москви, що Бруховецький їх лютий ворог і їм непотрібний, бо він забрав тепер всю власть в свої руки. Давні приятелї, Методий та гетьман тепер стали ворогами і писали обидва листи до царя та обговорювали один другого.

Разом з духовенством не злюбили Бруховецького городяни-міщани. Бруховецький хотїв одняти од міщан їх вольности і наговорював на їх перед царем, що через ті вольности міщани тягнуть до Польщі. Міщани повинні були давати кватирі для московського війська, а гетьман приказував міщанам давати кватирі й козакам. Міщани тепер мусїли платити податки в царський скарб. В городи наїхали московські цєловальники і збірали з міщан податки для царя, а козаки брали з їх збори і в гетьманський скарб, видирали силою. Московський воєвода Шереметев, довідавшись, що козаки збірають гроші з міщан в гетьманський скарб, написав до його і велїв йому не зачіпати міщан. В Переяславі Грек Іван Тамара збірав на перевозі плату з проїзжачих людий для гетьманів. Тепер московський воєвода Шереметєв звелїв Тамарі збірати плату для царя. Тамара зібрав пятьсот карбованців і хотїв одвезти гроші в Київ і подати через Шереметєва в Москву, а Бруховецький звелїв йому привезти гроші до себе в Гадяч та ще й не пятьсот, а тисячу карбованців і наказував, як тільки Тамара не привезе йому гроший, то він йому голову зітне. Козаки однимали од міщан млини, брали з їх підводи, а Москалї і собі забірали од їх підводи. Міщанам стало дуже важко. Городи стали проти гетьмана.

Як тільки Бруховецький вернув ся з Москви боярином, на його почали гримати й козаки. Бруховецький, вернувшись на Україну московським боярином, став гордий до козаків, недоступний. Тепер козаки вже не вибирали полковників вольними голосами, як було попереду. Бруховецький сам сажав полковників, неначе цар, сажав людий до себе прихильних, а неприхильних скидав самоправно з місця, забивав в кайдани та кидав в тюрму. Ще в Москві він спровадив писаря Шийкевича в Сібір. Тепер він покарав суддю Юрия Незамая за те, що він видав пашпорт на виїзд з Канева пяти жінкам неприхильних до гетьмана козаків. Гетьман побив Незамая, забив в кайдани і одіслав в Москву, звідкіль цар вислав його в город Казань,

Потім посадив в тюрму нелюбого для себе полковника Гамалїю, Децика. Козаки кричали, що до сього часу між козаками не було бояр та дворян, а тепер, як настали бояри та дворяни, козаки теряють свої давні вольности. Ті полковники, що добули собі в Москві дворянство, соромились і боялись звати ся дворянами. Переяславський полковник-дворянин, Єрмоленко сказав на рбідї при всіх, навіть при московських людях: »Менї дворянства не потрібно! Я по стародавньому козак«. Козаки в Переяславі кричали: »Ходїм на Запорожжя! зберемо ся всї та й ударимо з Сїчі на гетьмана«.

Бруховецький побачив, що вийшло погано і писав до царя, щоб він прислав ще більше московського війська на Україну: він думав через те військо вдержатись на гетьманстві. А тут почали прибувати на Україну московські воєводи з московським військом. Окрім Київа, воєводи сїли в Прилуках, Лубнах, Гадячі, Миргороді, Полтаві, Батуринї, Глухові, Сосницї, Новгороді-Сїверському, Стародубі. Московське військо лило ся на Україну, як колись польске. Разом з воєводами наїхали з Москви урядники і почали переписувати всїх людий в городах і в селах: записували землї, млини, лїси, заводи, пасїки і все обкладали податками для царя. Московські воєводи грубо обходились з козаками і з міщанами, обдирали їх, лаялись паскудними словами, безчестили молодиць та дївчат, били козаків палицями. Сам Бруховецький жалїв ся в Москву, що переяславський воєвода Вердеревський бив його зятя, Михієнка, посадив без вини, в тюрму, гетьманським людям не дав косити сїна. В Полтаві московський воєвода Хитрово ставив Москалїв в козацьких хатах, лаяв козацького полковника і його жінку паскудними словами, козаків бив палицею, вибивав їм очі, плював в лице, випихав в шию, безчестив дївчат. Козаки кидали козаковання і приписувались в міщан.