Отож занепокоєння найвищого чиновника губернії було цілком зрозуміле. А тут ще, бідкається він, усілякі неблагонадійні й піднаглядні, які знайшли в оповіді професора відгук на свої крамольні думки, почали залучати учнівську молодь і простий люд йти 17 грудня на лекцію козацького професора. «Причому піднаглядні, — як згадується в доносах, — втлумачували учнівській молоді, що саме такі лекції їм конче треба послухати, а не те, що попи та казенні читці розповідають у народнім Домі. Ідіть завтра слухати Яворницького про пикатих панів та про царські тюрми».

З огляду на таку небезпечну ситуацію, повідомляє губернатор, «я визнаю за необхідне не дозволити читання другої лекції, про що без оголошення причин цього мого розпорядження наказав оголосити п. Яворницькому…»

Дмитро Іванович знав, що весь час перебуває під пильним оком поліції, але він не зважав на те. Все жартував:

«А що вони мені зроблять? Ну раз заслали до Ташкента за вольнодумство. Може, ще на Соловки відправлять — я не боюся, бо сам їздив туди, коли шукав сліди Калниша. І таки знайшов його могилу. А ще побачив, яку гидку роль виконують святі отці — монахи та архимандрити, що стежили за кожним кроком «небезпечних в’язнів».

Після болісних митарств та поневірянь Дмитрові Івановичу поталанило влаштуватись на педагогічну роботу в Московському університеті, де очолив кафедру історії та археології українського козацтва. Попечитель Московського навчального округу Боголєпов, знаючи, що приват-доцент Яворницький «політичне неблагонадійний», все ж дозволив йому читати лекції за своїм профілем, але суворо застеріг: «Читать разрешаю! Но ходи строго по апостолу!».

Прогресивний вчений добре розумів, чого від нього хотів Боголєпов, але не з таких він був, щоб дотримуватися суворих вказівок царського чиновника. І читав не «по апостолу», а по-своєму.

У Москві Яворницький швидко зблизився з передовою інтелігенцією, почав відвідувати літературні вечори, які влаштовував у себе відомий педагог Д. І. Тихомиров. В його засіданнях брали участь А. П. Чехов, В. Г. Короленко, О. М. Горький, О. І. Купрін, Л. М. Андреев, В. В. Вересаев, С. Г. Скиталець, Д. Н. Мамін-Сибіряк, М. Г. Гарін-Михайловський.

Близький до Яворницького побратим-письменник М. Д. Телешов у своїх спогадах писав, що на літературних вечорах «читців було чимало», але в пам’яті залишився тільки один Професор Д. І. Яворницький, «правовірний українець», з дотепними запорозькими розповідями, які я слухав завжди із задоволенням».

Любов до запорожців звела Яворницького з своїм земляком-побратимом, геніальним російським художником І. Рєпіним. Удвох вони створили невмирущий шедевр-картину «Запорожці пишуть листа турецькому султану». В образі писаря Ілля Юхимович відтворив самого Дмитра Івановича. Саме про таких людей, як Яворницький, писав Бєлінський:

«Кто не принадлежит своєму отечеству, тот не принадлежит человечеству». Все життя і творчість Яворницького — підтвердження цієї незаперечної істини.

Д. І. Яворницький — самобутній, багатогранний талант. Він був не тільки видатним дослідником історії запорозького козацтва, етнографом, фольклористом, археологом, письменником. А ще — блискучим лектором, загальновизначним майстром слова. Живим, образним словом, ораторським мистецтвом він чарував людей.

Історичні й художні твори, що вийшли з-під його пера, а також його лекції мали прогресивне значення і були популярними серед студентської молоді.

Взірцем може служити його лекція, рукопис якої зберігся в архівах ЦНБ УРСР. Вона не втратила свого значення й понині, має полемічну загостреність, насиченість цікавими фактами, подіями, оригінальністю висновків, патріотичний пафос.

Дмитро Іванович — великий правдолюб. У доказ цього він з своєю правдою про вольнолюбие козацтво виступив 5 жовтня 1901 року з лекцією «Історія українського козацтва». Звичайно, така лекція декому з реакційного ректорату й попечителю прийшлася не по душі, зате вона щедро дійшла до молодих, сердець студентів університету.

Хотілося б подати деякі фрагменти цієї лекції, з яких видно, що Д. І. Яворницький був істориком об’єктивним, щирим і глибоко принциповим.

«— У нас, — підкреслював вчений, — писали й пишуть історію російської держави так, що лише зрідка подають історію народу і майже нічого не повідомляють про російське козацтво. А між іншим, можна без перебільшення сказати, що його роль велика й знаменна, а заслуги його перед вітчизною повністю не враховано.

Отже, маючи три університети на Півдні Росії і ті наукові сили, що е в них, ми все ще дуже бідні на спеціальні праці з історії Малої Росії, а разом з тим і з історії Малоросійського козацтва. Дуже шкода!»

Згадуючи істориків Бантиш-Каменського та А. А. Скаловського, Дмитро Іванович вважав: не ці історики дали ключ до розуміння ролі й діяльності російського та малоросійського козацтва. Наймогутніший сильний голос належить нашим знаменитим, великим, талановитим і класичним історикам М. І. Костомарову. Вивчали цю проблему М. М. Карамзін і С. М. Соловйов.