Народився 16 квітня 1816 р. в містечку Вороновиця (нині смт Вінницького району).

За походженням поляк. В літературних джерелах зустрічаються також транскрипції його прізвища Боньковський, Баньковський,Бончковський та ім’я Діонісій.

Працював тривалий час у державних і судових органах. У 1834—1838 роках служив канцеляристом у Новгород-Волинському земському суді, у 1838 р. – канцеляристом в Радомисльському земському суді. Від 1838 року був секретарем у канцелярії київського цивільного губернатора. У 1850-60-х рр. жив у Бердичеві.

Поклав на музику вірші Т.Шевченка «Нащо мені чорні брови», І. Завадського «Де шлях чорний», К. Думитрашка «Чорнії брови, карії очі» та ін.

Поетичні й музичні твори Бонковського друкувалися в 19—20 століттях в низці видань. Серед них – «Пісні та романси українських поетів» (1956), «Українською музою натхненні» (1971), «Пісні літературного походження» (1978).

Переклав українською з польської мови поему «Пісня про нашу землю» В.Поля (1860), твір «Заверуха. Українська повість» Т.-А.Олізаровського.

Пісні і романси Д.Бонковського входили і входять до репертуару багатьох відомих музичних колективів і виконавців сучасності, серед яких І.Козловський, Б.Гмиря, Д.Гнатюк, К.Огнєвий, О.Петрусенко, А.Солов’яненко, квартет «Явір», хор ім. Г.Вірьовки, ансамбль Російської (Радянської) Арміі ім.Александрова, В.Гришко, К.Цісик, О.Малінін, В.Степова, М.Басков, Я.Євдокимов, брати Томіленки та ін.

Автор дослідження «Про музику народних пісень» (1869), в якій охарактеризував особливості українського музичного фольклору.